粤军从广东进入闽地一里，此时孙在广东却一天也呆不下去了。
护法战争初期，面对当时北洋政府挥师南下的态势，陆荣廷表面上与孙中山的广州军政府合作，军政府当时也要面对军饷缺乏，人心涣散的境地，两派在广州便相安无事了一段短暂时期。待战事稍稳定，桂系与孙系的矛盾，便越发突出。
孙要扩展军政府势力，在广东到处征兵，陆荣廷曾对胡汉民多次提出抗议，军政府于是下令暂缓征兵，不过暗地里各地仍在继续。
1917年底，莫荣新下令各县，将孙系派出的征兵委员当做“土匪”一律枪毙。
12月初，更将军政府卫戍队连长和五十名新兵当作“土匪”处决，孙中山决定发动军事行动教训桂系。
大元帅要动手，可是谁来出兵？至少在法理上，莫荣新是合法的督军，何况莫荣新手里有兵权，观音山上有炮台，炮口正对着白鹅潭和大元帅府，真要打起来，涂炭的是城里的无辜平民。不过孙主意已定，当时他能指挥得动的兵力并不多，一下想到了程璧光的海军舰艇。
程壁光是广州香山人，是孙的老乡。年轻时程壁都考入了“福建船政堂”，毕业后成为了海军军官。甲午海战的时候，程壁光带来艘粤舰正好在天津出差，于是主动要求参战。程参加了中日海战的几次主要战事，并在战斗中负伤。然而他受的伤不仅如此。他见证了屈辱的时刻，他带来的艘舰最终两沉一俘，自己甚至不得不亲自击沉搁浅的靖远号。
程壁光带着愤恨。回到了广东，并加入了兴中会。兴中会发动广州起义，失败后程壁光逃到了南洋。
1896年，李鸿章去欧洲途径槟榔屿的时候，程壁光拜见了这位主管过海军的上司。李鸿章对这位海军军官在甲午之役的表现格外欣赏，邀请他回国参与重建海军，程壁光于是回到了国内。后从管带一升迁，直至担任了巡洋舰队的司令。
辛亥革命前夕，程壁光带领着海军远洋舰队的海圻号。开始了中国现代海军史以来第一次远洋。他带领舰船，从上海，途经印杨洋，红海。地中海到达英国。参加了英皇乔治五世加冕仪式。后又经美国、古巴等国回国。
当时古巴、墨西哥等国正在排华，海圻号的到来，让古巴总统表示：“古巴军民决不会歧视华侨。”
墨西哥政府则就排华事件向清政府赔礼道歉，偿付受害侨民生命财产损失。
在回国的上，辛亥革命的消息传到了舰上。程壁光召集全体官兵表决，结果一致支持革命。
1911年12月，程壁光还没有回到国内，就被在上海聚集的起义海军代表们投票选举为革命政府的海军总长。
海军是辛亥革命和民国初期的重要军事力量。是第一支倒戈参加武昌起义的主要官方武装。没有海军的加入，武昌军政府在清军大举进攻之下。是支持不了多久的。
孙认为，程壁光是广东人，又是自己年轻时的好友，应该不会阻止自己的计划的。但是孙错了，此时，湘桂联军正在湖南战场和北洋军激战，程壁光反对此时护法阵营内有任何的冲突。
孙决定炮轰广州城内的督军府，他要求程壁光部海军向广州开炮。程壁光火了，说道，我是来护法的，不是来参与你和桂系之间的纠葛的，作为广东人，应该是维护广州市民的安全，怎么能炮轰广州城？
程壁光知道，孙可能会直接对舰长发布命令。于是，下令各舰戒严，不准任何船只靠近。
没多久，孙的侄孙振兴企图接近军舰的时候，遭到了炮击。
孙振兴受伤后不久身亡，这让孙更是怒不可遏。
1918年1月3日，孙宴请同安、豫章两舰舰长，一通酒水下去，这两人乱醉如泥了。孙中山把反对自己举动的部属暂扣，和自己其他的亲信，带着这两人上了军舰，要他们下令炮轰广州城内的督军府。两个舰长当然犹豫，孙中山于是亲自点火开炮，其他火炮也相继开火。