8月5日，程璧光与海军第一舰队全部抵达广州。国会议员应孙电邀，也有150多人到达广州。但这个数字仍不足法定人数，但众人认为护法誓在必行，于是决定按照法国的先例，召开“非常国会”。
8月25日，国会非常会议在广州正式开幕，孙被选为中华民**政府大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。
在军政府里，有几个值得注意的军界人物。李烈钧做了总参谋长，许崇智做了参军长，陈炯明做了第一军总司令。他们位都是革命元勋，蒋志清此时还排不上位置。
陈炯明被赋予第一军总司令的职务，但他只是个光杆司令。孙希望他成为一个名副其实的司令，他现在总算知道自己手里没有军队是干不了事情的。于是，他派胡汉民跟朱庆澜去谈，希望把陈炯明过去的那20营部队还回来。
此时的广东其实是桂系的地盘，督军陈炳焜是陆荣廷的把兄弟和第一干将，他早就惦记着朱庆澜的部队。朱庆澜性将20营警卫军交给孙，并提议由陈炯明担任省长公署亲军司令。
孙在广州所作所为，西南军阀都当做笑话来看。但听说孙要拿走这20营部队，陈炳焜立即疯了，马上出动部队，将陈炯明的司令部团团围住，缴去司令大印。亲军司令才做了一天，陈炯明便被逼出走，跑到香港避难。随即。陆荣廷又亲自操纵广东省议会选举，将李耀汉推上广东省长的宝座，又将朱庆澜逼走。
孙长叹一声道：“难道搞支部队就这么难吗？”
孙无奈。而陈炯明则被气得卧病在家。眼看孙的建军计划又成泡影。
天无绝人之，现在能够帮助孙的是段祺瑞。
1917年，张勋复辟，各派势力组织护法势力驱逐张勋，并顺便谋求自己的利益。
最先获利的是段祺瑞。他在北京附近拥有支持自己的军事力量，他于马厂誓师，带着5万军队打进北京。一下就将张勋军驱逐了。段祺瑞回到了北京，却没有恢复原来的政府、议会和总统，而是另组临时参议院。段祺瑞的作为。让那些失去议员津贴的老国会议员们不满，还有那些对段祺瑞强势政府心存余悸的南方实力派们也很不满。
孙号召反段的力量在广州集结，最先响应的是程壁光和他控制的第一舰队，
一个新问题又出现了。这些来参加护法的人究竟就是支持孙。还是支持护法。孙和其他人的理解不一样，产生分歧也就很正常了。护法势力中，最有声望两个人，一个是黎元洪，一个是孙。对于大多数人来说，他们支持黎元洪恢复总统的位置。可是，黎元洪远没有支持他的那些人那样的热情，他不愿意南下。而更愿意在天津当炒房、炒股的商人。
黎元洪不愿意南下，于是只有孙可以担任护法的代言人了。但是护法各派却希望护法政府和原来的护**一样。大家成立合议制的机构。也就是说，并不是一人说了算，而是遇事协商解决。这与孙的想法不一样，他希望护法政府中，一切由他决定。
联合各派的护法运动实际上已经出现分裂。
段祺瑞主张武力统一，对南方采取不妥协政策，派傅良佐坐镇湖南，吴光新进驻四川，冯玉祥部进兵福建，从个方面进击南方。
陆荣廷对北军咄咄逼人的攻势颇为忌惮，担心后院起火，于是主动缓和与孙的矛盾，将那20营人马终于给了陈炯明，但前提是陈炯明领兵去打福建。同时，陆荣廷调走了陈炳焜，而以部将莫荣新做了广东督军
从长远看，这次交易，陆荣廷不合算。军队远比地盘重要，有了这支部队，孙的革命事业迎来了新局面，而且最终把广东也拿到手里。
尽管孙命令不能出府门，但他却制定了一个会师武汉、大举北伐、统一中国的宏大计划。他制定的这个计划，其实是以蒋志清原先的计划为蓝本的。
9月1日孙在广州开基立业之时，蒋志清便将一份《对北军作战计划》寄往广州。蒋志清之所以能这么快将计划送到孙面前，当然是在徐彦卓提醒下，早早制定出来的。